Хогвартс делится на 4 факультета (houses), каждый назван по имени своего основателя: Годрик Гриффиндор, Салазар Слизерин, Кандида Когтевран и Пенелопа Пуффендуй. Каждый факультет имеет свой талисман, свои цвета и своё привидение. В течение учебного года факультеты соревнуются за кубок факультетов, набирая и теряя баллы. Каждый факультет имеет свою квиддичную команду, и команды соревнуются за кубок школы по квиддичу. Эти два соревнования порождают соперничества между факультетами. Во главе факультета стоит декан (Head), в прошлом учившийся на этом факультете. На своём факультете декан отвечает за донесение важной информации до сведения студентов, наказания студентов за серьёзные проступки, реагирование на аварийные ситуации. Каждый факультет имеет собственные спальни и свою гостиную. За редкими исключениями, спальни и гостиная факультета недоступны для студентов других факультетов и охраняются картинами, требующими разгадать загадку (гостиная Когтеврана) или назвать пароль (все остальные гостиные). На своём факультете мальчики не имеют права входить в спальни для девочек, а девочки в спальни для мальчиков входить могут. Это правило установили основатели, считавшие девочек более порядочными.

В первые годы существования Хогвартса его основатели лично отбирали студентов для своих факультетов. В дальнейшем из-за беспокойства об отборе студентов после смерти основателей Годрик Гриффиндор снял свою шляпу, и каждый основатель добавил туда свои знания. С тех пор студентов распределяет Распределяющая Шляпа.

Гриффиндор.
Гриффиндор (англ. Gryffindor) — отличительные качества учеников этого факультета: храбрость, честь, благородство. Талисман — лев, цвета — алый и золотой. Декан — преподаватель трансфигурации Минерва МакГонагалл. Привидение — Почти Безголовый Ник. Основатель — Годрик Гриффиндор. Согласно Роулинг, Гриффиндор соответствует стихии огня.

В переводе с французского «Гриффиндор» означает «золотой грифон». Обычно грифона характеризуют как бдительное, храброе и сильное существо. Именно этими качествами отличаются ученики факультета Гриффиндор, потому такое название вполне логично. Кроме того, у кабинета профессора Дамблдора есть латунный молоток в виде грифона, чтобы стучать им в дверь.

Хотя Гриффиндор считается «хорошим» факультетом, не все гриффиндорцы попадают в эту категорию. Так, Кормак Маклагген груб и невыдержан. Гриффиндорка Ромильда Вейн пыталась соблазнить Гарри Поттера, используя любовное зелье. Пожиратель Смерти Питер Петтигрю тоже учился на этом факультете.

Общая комната Гриффиндор располагается в одной из самых высоких башен, вход в которую находится на 7 этаже восточного крыла замка. Он охраняется портретом Полной Дамы в розовом платье, которая открывает проход, запрашивая пароль с любого, кто хочет войти в комнату.

Пуффендуй.
Пуффендуй (англ. Hufflepuff, Хаффлпафф) — ценит трудолюбие, верность и честность (fair play). Талисман — барсук, цвета — канареечно-жёлтый и чёрный. Декан — преподаватель травологии Помона Стебль. Привидение — Толстый Проповедник. Основатель — Пенелопа Пуффендуй. Согласно Роулинг, Пуффендуй соответствует стихии земли.

Когтевран.
Когтевран (англ. Ravenclaw, Рэйвенкло) — ценит ум, творчество, остроумие и мудрость. Популярная когтевранская пословица гласит «wit beyond measure is man’s greatest treasure» (Ума палата дороже злата). Талисман — орёл, цвета — синий и бронзовый (в фильмах заменены на синий и серебристый). Декан — профессор заклинаний Филиус Флитвик. Привидение — Серая Дама. Основатель — Кандида Когтевран. Согласно Роулинг, Когтевран соответствует стихии воздуха.

Слизерин.
Слизерин (англ. Slytherin) — ценит амбициозность, хитрость, находчивость. Книга также позволяет предположить, что для слизеринцев характерна жажда власти. Талисман Слизерина — змея, цвета — зелёный и серебристый. Декан — Северус Снегг, профессор зельеварения. Его преемник на этом посту — Гораций Слизнорт, также преподававший зельеварение. Привидение — устрашающий Кровавый Барон. Согласно Роулинг, Слизерин соответствует стихии воды.
Среди качеств, влияющих на попадание в Слизерин, Распределяющая Шляпа называет чистоту крови, но до пятой книги этот фактор не упоминается. Кроме того, не все студенты Слизерина были чистокровными (примеры обратного: Северус Снегг, Том Реддл). В последней книге группа егерей заявляет, что «not many Mudbloods» («не много грязнокровок») распределяется на Слизерин, из чего следует, что некоторые нечистокровные маги туда всё-таки распределяются.

Считая, что победил Гарри Поттера, Волан-де-Морт решил уничтожить все факультеты, кроме Слизерина, где учились бы все студенты Хогвартса. Однако Волан-де-Морт был побеждён и погиб, после чего Слизерин перестал быть бастионом чистой крови.